聖塞巴斯蒂昂博物館位於聖多美海灣，它既是一箇博物館也是一箇堡壘，它包含宗教藝術和殖民地時期的史前古器物。可見，最初聖塞巴斯蒂昂博物館是作爲一箇城堡要塞之用的，等其要塞作用漸漸褪去之後，才纔開闢爲博物館來收藏一系列的古物。
目前，聖塞巴斯蒂昂博物館附近仍有一箇大炮供遊客觀賞，這些都是戰爭使用後遺留下來的。在聖塞巴斯蒂昂博物館裏，最怪異的的遺蹟是可可王儲存在一箇盒子裏的繪畫以及繪畫下面的很多骨骸，這些骨骸是某一箇可可王的，包括骷髏頭和一系列骨頭等等。從博物館的頂部，還可以看到附近的大海和一隻沿用至今的燈塔。