2002年，按照“建成國內著名、世界知名的牡丹主題園林”的目標，清華大學、上海同濟大學、北京林業大學、中央美院等國內一流單位規劃設計，對牡丹園進行了大規模的改建，總投資5000萬元。經過一、二期改建的曹州牡丹園山水相連、鳥語花香，景觀特色突出，每年穀雨前後，園內花如海、人如潮，蔚爲壯觀，日遊客接待量最高達10萬人，年接待遊客35～50萬人，海外遊人每年大幅度增加。2000～2005年，年內綜合經濟效益均創800餘萬元，成爲菏澤市三產發展、城市建設、知名度提高的巨大推動力。
園內有參觀點30餘處。主要有牡丹主觀賞區，包括品種資源圃、花色圃、花型圃。芍藥大全圃，隨着牡丹、芍藥早、中、晚品種的調整，實現了牡丹、芍藥花期對接。國花館，一樓大廳鋪裝了大理石地面，在大廳正對入口處及廳東、西兩側鑲鉗了大型牡丹圖案。大廳中央放置青銅鑄牡丹寶鼎，兩側佈設十二花神青銅雕塑，東爲歷史廳、西爲文化廳。二樓爲牡丹精品圖譜。三樓爲文化藝術廳。牡丹鮮花展廳，每年花會期間舉辦國際牡丹插花展，品味國內一流。雷澤湖，河道600餘米，養植觀賞荷花近50種，花色多樣，形態各異。有的花大盈尺，千層起樓，遊人稱"牡丹荷花"。花期長達80多天。牡丹文化廣場，廣場中聳立着牡丹園主題雕塑，並建有文化柱廊，直徑一米，高九米的9根文化石柱，分別雕刻着菏澤的重大歷史事件、歷史人物和風俗民情。在旅遊高峯期，廣場上舉行武術、戲曲、歌舞、舞龍舞獅等表演和比賽活動。九色春暉。懷抱雷澤湖，上植近萬株大齡牡丹，並配植月季、金銀花、石楠、玉蘭等喬灌花木。梅石園。以數百株紅、白、綠、粉各色梅花和奇石爲主體，間植牡丹、芍藥、紫荊、月季和多種觀花桃樹。花神廟。廟中玉石臥佛系我少最大玉佛，長5.4米，重25噸，用整塊緬甸玉雕琢而成。菏山流霞。工程建於東大門內側，集透、漏、秀、奇、噴泉、瀑布、寶塔、山體植物於一體。民俗文化廣場，位於梅石園東北，主要是在牡丹花會期間表演菏澤民間抬花轎、泥塑、剪紙、鬥雞、鬥羊、武術等活動。
旅遊服務設施日益健全完善。包括生態化的園內道路、賓館、牡丹茶藝廳、餐廳、特色紀念品、花卉產品、書畫藝術品銷售部、星級旅遊公廁等。
曹州牡丹園將以突出國花牡丹爲主題，進一步擴建達到133.34公頃，建成一箇現代化生態化牡丹主題大型植物園林及AAAA級旅遊景區，使之成爲山東自東向西“濱海觀光、濟南訪泉、泰山攬勝、曲阜懷古、菏澤賞花”黃金旅遊線路的重要一環，連接齊魯文化與中原文化旅遊的重要驛站。
地址：山東省菏澤市牡丹區人民北路1000號
類型：植物園
等級：AAAA
遊玩時間：建議2小時
電話：0530-5640188
門票信息：
門市價：10.0元起
旺季（4月1日至-5月20日）：75元；淡季：10元；遊覽電瓶車：10元。