松江清真寺位於松江鎮缸甏行，又名真教寺。據寺內禮拜殿中保存的清康熙十六年（1677年）《重修真教寺碑記》：寺於元至正年間（1341～1367年）蒙古氏創建。清真寺大門向北，外有照壁，額題“清真妙元”。入內有內照壁，書“清真寺”。甬道西側牆下有一小墓，傳爲元達魯花赤墓。進內西側爲邦克樓，面東，平面長方形，磚砌，建築面積12平方米。其形制仿窯殿，外部重檐十字脊，翼角起翹，皆摹仿木結構；內部爲尖拱穹窿頂，拱下闢門洞爲出入道。邦克樓西廂對面爲禮拜殿，磚木結構，三開間，寬敞雅靜，建築面積130平方米，明代形制。其內部裝飾以阿拉伯文字組成豐富的彩繪圖案。大殿向後爲重檐十字脊窯殿，爲寺內最古的建築物，純爲磚結構，古樸雄偉。其南、北、東三面闢有拱形門洞，南北兩側拱門外築有坡屋，建築面積共48平方米。窯殿頂部爲重檐十字龍吻脊，採用了透空花的做法，玲瓏剔透。翼角的起翹部分無角梁結構。上下檐之間的四周壁面原繪有山水、花草題材的壁畫。窯殿內部是球穹窿頂，頂下四角的疊磚，爲菱角牙子間砌形式，均保持元代形制。此種中國與阿拉伯建築風格融爲一體的古代建築，今全國僅存杭州鳳凰寺和松江清真寺兩例。
該寺爲上海地區最古老的伊斯蘭教建築。元代蒙古軍隊中，有不少是穆斯林，嗣後有的就在松江定居，故建此清真寺。明洪武二十四年（1391年）大修，永樂年間（1403～1424年）擴建。清康熙十六年（1677年）、嘉慶十七年（1812年）、同治九年（1870年）三次大修。抗戰時期（1937～1945年）門廳傾圮，部分房屋又被火燒，損壞嚴重。解放後，江蘇省人民政府曾於1955年撥款修繕。由於經費不足，修時不得已拆除了禮拜殿的草架結構和軒廊部分。“文革-”期間，被改作工廠、倉庫。
1985年9月動工大修。工程分兩期進行：第一期，包括修復窯殿、穿廊、禮拜殿、邦克樓、南北講經堂、水房、教長室、照壁、照牆、達魯花赤墓及龍牆等項目，其中部分建築物都按原樣重建，以恢復清真寺原貌；庭院間除保留原有樹、石外，又新植一些花木，佈置幽雅，增添了古園林的景象。第二期，主要是修復墓園，恢復了數十塊古墓碑，增植樹木，保持墓地形式。全部工程於1989年5月完成。
1980年，被列爲市級文物保護單位。