哥特式教堂在新大陸是罕見的，但波多黎各卻有兩個：一箇是1606年建在聖赫爾曼（San Germán）的博塔科裏教堂，另一箇就是16世紀30年代建在聖胡安舊城的聖瓊斯教堂。聖瓊斯教堂作爲島上的第一個教堂，也是西半球最古老的教堂。儘管最初的建築曾在颶風中被吹走，現在的教堂仍可追溯到19世紀。聖瓊斯教堂最初是多米尼克會的修道院和小禮拜堂，是爲聖托馬斯•阿奎那（Saint Thomas Aquinas）而建的，1865年耶穌會士接管後被更名。
無論用哪一個名字，聖瓊斯教堂都是一箇引人關注的地方，其哥特式的建築細節給人留下了深刻的印象。歷史和藝術愛好者們將可以看到波多黎各的第一任總督胡安•龐塞•德萊昂（Juan Ponce de Léon）捐贈的16世紀的木製十字架。15世紀的祭壇是從西班牙的加的斯（Cadiz）帶到聖胡安來的。波多黎各最著名的藝術家瓊斯•坎佩切（José Campeche）就葬在這裏。胡安•龐塞•德萊昂最初也是躺在這裏安息的，但後來他的遺體被遷移到聖胡安大教堂中一箇更雅緻的地方了。他的徽章掛滿了一面牆，而他的雕像，1797年從英國人手裏捕獲大炮的青銅鑄雕像，佇立在教堂前的一箇小廣場的中央。
還有一定要參觀一下隔壁的多明各會修道院（Dominican Convent）。於1523年建在龐塞•德萊昂捐贈的土地上的它曾是修道院、兵營和美國的軍事指揮部。如今，它是波多黎各文化學會（Puerto Rico Institute of Culture）的所在地，在這還舉辦了多場音樂會和展覽會。